Существовании села Малые Маячки упоминается уже в 13 веке. Своё название берёт от близлежащего села Ивнянского района Большие Маячки, во время татаро-монгольского нашествия, для того чтобы предупредить врага, на курганах насыпанных вручную зажигались огромные костры. От слова «костёр» или «маяк» и пошло название села. В 1862 году в селе насчитывалось 475 душ населения, ведется подворное земледелие.
После реформы 1861 года крестьяне перешли на условия общинно-надельного земледелия. В дореформенной период были распространены домашние промыслы и ремесло. Это ткачество, вязание, бондарные, скорняжные промыслы. В селе было 3 ветряные мельницы .В советское время село входило в состав Борисовского, Краснояружского, затем Ракитянского районов. В 30-х годах находилось в составе Беленихинского района Курской области и насчитывало 1489 жителей в 1950 году Малые Маячки вошли в состав Прохоровского района Белгородской области.
Сегодня село Малые Маячки – благоустроенное село, которое является комфортным и красивым для проживания. Оно удалено от крупных промышленных центров, благоприятная экологическая обстановка, отсутствие криминала, наличие в селе коммунальной инфраструктуры и всех необходимых социально-культурных объектов.
